Словарь русских фамилий:
Забытое слово клуня означало сарай для молотьбы. Может быть, ребеночек родился в клуне, либо там нашли подкидыша — вот и прилипло к ниму прозвище. Или родоначальник трудился в клуне. (Э) Почти все фамилии на -инников
© «СловоТолк.Ру» — толковые и энциклопедические словари, 2007-2020