Словарь русских фамилий:
В имеющихся в моем распоряжении источниках такая фамилия не объясняется, но можно предположить следующее. Слов хорунжий известно давно как воинское звание в казачьих войсках. Само же слово значит «то кто носит военную хоругвь, знамя» (Даль). Вероятнее всего фамилия был образована от звания, но могла быть связана и непосредственно с хоругвью. Хоруженко, может быть украинской фамилией от той же основы (через Хорунжитй — Хоружий — Хоруженко), а может и нет. .
© «СловоТолк.Ру» — толковые и энциклопедические словари, 2007-2020